Custom print method for models fitted with rf(), rf_repeat(), and rf_spatial().
Usage
# S3 method for class 'rf'
print(x, ...)Arguments
- x
A model fitted with
rf(),rf_repeat(), orrf_spatial().- ...
Additional arguments for print methods.
See also
print_evaluation(), print_importance(), print_moran(), print_performance()
Other model_info:
get_evaluation(),
get_importance(),
get_importance_local(),
get_moran(),
get_performance(),
get_predictions(),
get_residuals(),
get_response_curves(),
get_spatial_predictors(),
print_evaluation(),
print_importance(),
print_moran(),
print_performance()
Examples
data(plants_rf)
print(plants_rf)
#> Model type
#> - Fitted with: ranger()
#> - Response variable: richness_species_vascular
#>
#> Random forest parameters
#> - Type: Regression
#> - Number of trees: 50
#> - Sample size: 227
#> - Number of predictors: 17
#> - Mtry: 4
#> - Minimum node size: 30
#>
#>
#> Model performance
#> - R squared (oob): 0.5015626
#> - R squared (cor(obs, pred)^2): 0.8378728
#> - Pseudo R squared (cor(obs, pred)):0.9153539
#> - RMSE (oob): 2379.254
#> - RMSE: 1609.614
#> - Normalized RMSE: 0.4646691
#>
#> Model residuals
#> - Stats:
#> ┌──────────┬─────────┬─────────┬────────┬────────┬──────────┐
#> │ Min. │ 1st Q. │ Median │ Mean │ 3rd Q. │ Max. │
#> ├──────────┼─────────┼─────────┼────────┼────────┼──────────┤
#> │ -3408.93 │ -847.75 │ -302.35 │ -61.71 │ 325.94 │ 11040.86 │
#> └──────────┴─────────┴─────────┴────────┴────────┴──────────┘
#> - Normality:
#> - Shapiro-Wilks W: 0.798
#> - p-value : 0
#> - Interpretation : Residuals are not normal
#>
#> - Spatial autocorrelation:
#> ┌──────────┬───────────┬─────────┬──────────────────┐
#> │ Distance │ Moran's I │ P value │ Interpretation │
#> ├──────────┼───────────┼─────────┼──────────────────┤
#> │ 100.0 │ 0.164 │ 0.000 │ Positive spatial │
#> │ │ │ │ correlation │
#> ├──────────┼───────────┼─────────┼──────────────────┤
#> │ 1000.0 │ 0.073 │ 0.000 │ Positive spatial │
#> │ │ │ │ correlation │
#> ├──────────┼───────────┼─────────┼──────────────────┤
#> │ 2000.0 │ 0.026 │ 0.002 │ Positive spatial │
#> │ │ │ │ correlation │
#> ├──────────┼───────────┼─────────┼──────────────────┤
#> │ 4000.0 │ 0.008 │ 0.032 │ Positive spatial │
#> │ │ │ │ correlation │
#> └──────────┴───────────┴─────────┴──────────────────┘
#>
#> Variable importance:
#> ┌─────────────────────────────────┬────────────┐
#> │ Variable │ Importance │
#> ├─────────────────────────────────┼────────────┤
#> │ climate_bio1_average │ 1949.457 │
#> ├─────────────────────────────────┼────────────┤
#> │ human_population │ 1595.806 │
#> ├─────────────────────────────────┼────────────┤
#> │ climate_hypervolume │ 1188.702 │
#> ├─────────────────────────────────┼────────────┤
#> │ bias_area_km2 │ 1177.989 │
#> ├─────────────────────────────────┼────────────┤
#> │ human_population_density │ 1026.905 │
#> ├─────────────────────────────────┼────────────┤
#> │ human_footprint_average │ 1021.417 │
#> ├─────────────────────────────────┼────────────┤
#> │ climate_aridity_index_average │ 844.765 │
#> ├─────────────────────────────────┼────────────┤
#> │ neighbors_count │ 707.572 │
#> ├─────────────────────────────────┼────────────┤
#> │ neighbors_area │ 649.625 │
#> ├─────────────────────────────────┼────────────┤
#> │ bias_species_per_record │ 607.005 │
#> ├─────────────────────────────────┼────────────┤
#> │ topography_elevation_average │ 523.113 │
#> ├─────────────────────────────────┼────────────┤
#> │ fragmentation_cohesion │ 484.973 │
#> ├─────────────────────────────────┼────────────┤
#> │ climate_velocity_lgm_average │ 218.293 │
#> ├─────────────────────────────────┼────────────┤
#> │ climate_bio15_minimum │ 215.974 │
#> ├─────────────────────────────────┼────────────┤
#> │ fragmentation_division │ 197.148 │
#> ├─────────────────────────────────┼────────────┤
#> │ neighbors_percent_shared_edge │ 92.874 │
#> ├─────────────────────────────────┼────────────┤
#> │ landcover_herbs_percent_average │ -81.849 │
#> └─────────────────────────────────┴────────────┘
#or
plants_rf
#> Model type
#> - Fitted with: ranger()
#> - Response variable: richness_species_vascular
#>
#> Random forest parameters
#> - Type: Regression
#> - Number of trees: 50
#> - Sample size: 227
#> - Number of predictors: 17
#> - Mtry: 4
#> - Minimum node size: 30
#>
#>
#> Model performance
#> - R squared (oob): 0.5015626
#> - R squared (cor(obs, pred)^2): 0.8378728
#> - Pseudo R squared (cor(obs, pred)):0.9153539
#> - RMSE (oob): 2379.254
#> - RMSE: 1609.614
#> - Normalized RMSE: 0.4646691
#>
#> Model residuals
#> - Stats:
#> ┌──────────┬─────────┬─────────┬────────┬────────┬──────────┐
#> │ Min. │ 1st Q. │ Median │ Mean │ 3rd Q. │ Max. │
#> ├──────────┼─────────┼─────────┼────────┼────────┼──────────┤
#> │ -3408.93 │ -847.75 │ -302.35 │ -61.71 │ 325.94 │ 11040.86 │
#> └──────────┴─────────┴─────────┴────────┴────────┴──────────┘
#> - Normality:
#> - Shapiro-Wilks W: 0.798
#> - p-value : 0
#> - Interpretation : Residuals are not normal
#>
#> - Spatial autocorrelation:
#> ┌──────────┬───────────┬─────────┬──────────────────┐
#> │ Distance │ Moran's I │ P value │ Interpretation │
#> ├──────────┼───────────┼─────────┼──────────────────┤
#> │ 100.0 │ 0.164 │ 0.000 │ Positive spatial │
#> │ │ │ │ correlation │
#> ├──────────┼───────────┼─────────┼──────────────────┤
#> │ 1000.0 │ 0.073 │ 0.000 │ Positive spatial │
#> │ │ │ │ correlation │
#> ├──────────┼───────────┼─────────┼──────────────────┤
#> │ 2000.0 │ 0.026 │ 0.002 │ Positive spatial │
#> │ │ │ │ correlation │
#> ├──────────┼───────────┼─────────┼──────────────────┤
#> │ 4000.0 │ 0.008 │ 0.032 │ Positive spatial │
#> │ │ │ │ correlation │
#> └──────────┴───────────┴─────────┴──────────────────┘
#>
#> Variable importance:
#> ┌─────────────────────────────────┬────────────┐
#> │ Variable │ Importance │
#> ├─────────────────────────────────┼────────────┤
#> │ climate_bio1_average │ 1949.457 │
#> ├─────────────────────────────────┼────────────┤
#> │ human_population │ 1595.806 │
#> ├─────────────────────────────────┼────────────┤
#> │ climate_hypervolume │ 1188.702 │
#> ├─────────────────────────────────┼────────────┤
#> │ bias_area_km2 │ 1177.989 │
#> ├─────────────────────────────────┼────────────┤
#> │ human_population_density │ 1026.905 │
#> ├─────────────────────────────────┼────────────┤
#> │ human_footprint_average │ 1021.417 │
#> ├─────────────────────────────────┼────────────┤
#> │ climate_aridity_index_average │ 844.765 │
#> ├─────────────────────────────────┼────────────┤
#> │ neighbors_count │ 707.572 │
#> ├─────────────────────────────────┼────────────┤
#> │ neighbors_area │ 649.625 │
#> ├─────────────────────────────────┼────────────┤
#> │ bias_species_per_record │ 607.005 │
#> ├─────────────────────────────────┼────────────┤
#> │ topography_elevation_average │ 523.113 │
#> ├─────────────────────────────────┼────────────┤
#> │ fragmentation_cohesion │ 484.973 │
#> ├─────────────────────────────────┼────────────┤
#> │ climate_velocity_lgm_average │ 218.293 │
#> ├─────────────────────────────────┼────────────┤
#> │ climate_bio15_minimum │ 215.974 │
#> ├─────────────────────────────────┼────────────┤
#> │ fragmentation_division │ 197.148 │
#> ├─────────────────────────────────┼────────────┤
#> │ neighbors_percent_shared_edge │ 92.874 │
#> ├─────────────────────────────────┼────────────┤
#> │ landcover_herbs_percent_average │ -81.849 │
#> └─────────────────────────────────┴────────────┘